Jakubec dostal již r. 1898 habilitační stipendium a podnikl cestu do Německa — do Ruska, jak zamýšlel, již se nedostal; po návratu ho na čas pod dojmem cestou získaných zkušeností od vědy odvedla politika; ale když došlo к vydávání Laichterovy Literatury české XIX. století, spočívala hlavní práce v prvních dvou dílech na Jakubcovi. Také jiné části jím vymezeného programu, o němž se jistě hojně diskutovalo, záhy se splnily: Akademie počala hojněji vydávati rozmanité korespondence, Vlček u Laichtera založil sbírku kritických vydání novočeských spisovatelů, při Českém časopise historickém počala vycházeti bibliografie, Akademie Vlčkovu sbírku doplnila Novočeskou knihovnou a na universitě byl zřízen literárně-historický seminář — Jakubec se všude účastnil práce. Již jdříve vydal výbor z Kollára a básně Palackého a nyní u Laichtera básně Čelakovského, ve Světové knihovně Kollárův Cestopis a Slávy dceru, v Novočeské knihovně básně F. V. Hekovy; jeho péčí vyšel v Akademii svazek korespondence Dobrovského s Ribayem, к tisku připravený A. Paterou, a svazek korespondence Vinařického, připravený V. O. Slavíkem; ke svým vydáním napsal podrobné úvody a opatřil je bohatým doprovodem poznámkovým, vydání jiná, zejména Havlíčka, sledoval obšírnými kritikami. Jméno Jakubcovi založily hlavně studie v Laichterově Literatuře, kde jsou jeho dílem kapitoly o českém obrození a josefinismu, o počátcích nové historiografie a o vzniku slavistiky, o Dobrovském, Nejedlém, Jungmannovi a jeho škole, o obrozen-ských časopisech, o mladém Palackém a Šafaříkovi a zvláště o Kollárovi a Čelakovském — v dalších dílech o Havlíčkovi-básníkovi a o Pflegrovi —; jsou to studie, svůj předmět vyčerpávající do nejmenších podrobností, přesně dokumentované a skvělé v ideovém rozboru, a dnes představují vrcholný bod našeho vědění o této době. Na jejich základě se Jakubec r. 1903 habilitoval, a když k nim r. 1907 přibyla německá „Geschichte der čechischen Literatur" (II. vyd. 1913), dostal titul mimořádného profesora, a když vyšlo v letech 1908—1911 české obsáhlejší její zpracování („Dějiny literatury české") a první díl vydání Celakovského, roku 1914 titul profesora řádného. O prvních svých kapitolách v Laichterově Literatuře a o německých Dějinách podal Jakubec v Naší době auto-referáty; je z nich patrno, že vědecká práce Jakubcovi vždy znamenala vyrovnati se s problémem a proniknout i zachytit ideovou jednotu doby. Zejména autoreferát o „Geschichte" obsahuje věty, které jsou Jakubcovou vědeckou konfesí: převzav úkol po J. Vlčkovi nezpracoval prý posledního půlstoletí, poněvadž mu bránily nejen choroba a krátká doba, vyměřená práci, nýbrž hlavně poznání, že by nemohl pročíst a prostudovat celé literatury od let šedesátých, a „kusá četba by svedla к obrazu nesprávnému a nespravedlivému". Jakubec chce a hledá pravdu na základě bezprostředního poznání — v tom je smysl a cena jeho obsáhlé práce.

A v referáte o „Geschichte" Jakubec zdůraznil také relativitu literárně historického poznání, subjektivnost a tudíž dočasnost každého obrazu. Proto se rád znovu vrací к thematům jednou zpracovaným, proto své literární zjevy, zejména Kollára a Havlíčka, studuje s několika stran; vždy přináší zase něco nového, ať to jsou rozmnožené kapitoly prvních dvou svazků Laichterovy Literatury, jejíž redakci Jakubec